성공적인 Next Generation Sequencing (NGS)을 위해서는 여러 요인이 있지만 그 중 가장 중요한 것들 중 하나는 library preparation workflow 선택입니다.
NGS가 필수 분석 방법으로 발전함에 따라 single cell 및 cfDNA에서 PCR 없는 전체 게놈 분석에 이르기까지 광범위한 응용 프로그램 및 처리량에는 충분한 수율의 최고 품질 라이브러리가 필요합니다. 다양한 샘플 유형을 위한 NEBNext® UltraTM II 워크플로우NEB는 13년 이상 샘플 준비 작업 흐름을 간소화하고 입력을 최소화하며 라이브러리 수율 및 품질을 개선하는 솔루션을 제공하여 이러한 문제를 해결해 왔습니다. 90개 이상의 제품이 포함된 NEBNext 포트폴리오에는 다양한 샘플 유형의 DNA 시퀀싱 및 RNA 시퀀싱을 위한 샘플 준비 솔루션이 포함됩니다. NEBNext Ultra II 워크플로는 포트폴리오의 핵심이며 편리한 키트 형식 또는 별도의 모듈로 제공되어 쉽게 확장 및 자동화에 유연한 라이브러리 준비 워크플로를 제공합니다. NEBNext 시약은 현재 Illumina®, Oxford Nanopore Technologies® (ONT) 및 IonTorrent® 시퀀싱 플랫폼에서 차세대 시퀀싱 샘플 준비에 사용할 수 있으며 이미 새로운 시퀀싱 플랫폼에 적용되었습니다.
Next Generation Sequencing Library Preparation includes these subcategories
NGS DNA Library 제작을 위한 최고의 솔루션으로 fragmentation이 필요하지 않은 샘플에 적용가능한 kit (#E7645)로써 Size selection을 위한 SPRIselect® Beads 포함 kit 또한 제공합니다 (#E7103)
End repair, dA-tailing 시약이 single enzyme mixture 이며, 2.5시간이하의 짧은 소요시간 (hands-on time: ~ 15분) FFPE DNA 샘플 및 양질의 샘플까지 광범위한 샘플 유형에 적용되고
광범위한 입력 DNA(500pg – 1ug)에서 높은 라이브러리 수율, DNA 투입량이나 GC 함량에 관계없이 일관성 있고 신뢰할 수 있는 라이브러리를 도출합니다.
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NEB만의 Unique한 Enzyme을 사용하여 Fragmentation / End repair / dA-tailing 과정을 Clean up 없이 단일 튜브에서 단 한번에 진행할 수 있고
적은 양의 샘플이라도 손실에 대한 걱정없이 더 빠르고 안정적인 DNA 라이브러리 제작을 가능하게 합니다.
정제 비드가 필요한 경우 NEBNext® Ultra™ II FS DNA Library Prep with Sample Purification Beads(NEB #E6177)를 주문하는 것이 좋습니다.
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빠르고 간소화된 고성능 라이브러리 준비 워크플로에 enzymatic DNA fragmentation이 포함되어 있습니다.
최소한의 hands-on time 으로 2시간미만의 시간으로 10 ng 에서 1 μg 까지의 넓은 범위의 샘플 input 양이 사용되고,
Singleplex libraries용 Adaptors와 Primers가 키트에 제공됩니다.
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적은 양의 RNA 샘플로도 고효율의 NGS library 제작이 가능한 NEBNext® Ultra™ II RNA Library Prep Kit for Illumina® (Directional RNA #E7760, Non-directional RNA #E7770)로
hairpin loop 구조로 된 NEBNext Adaptor 방식을 이용 하여 저농도의 RNA샘플로 고효율의 라이브러리를 생산하도 최소화된 핸들링 타임,
간소화된 워크플로우 수행으로 보다 적은 PCR cycles로 enzyme bias를 최소화 하였습니다.
High yield 그리고 high quality는 높은 library complexity와 transcript coverage 특징이 있습니다.
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NEBNext® Small RNA Library Prep Set for Illumina® (Multiplex Compatible) kit의 고유한 워크플로는 간단한 프로토콜에서 고수율의 다양한 멀티플렉스 라이브러리 생산과 동시에 adaptor-dimers 오염 문제를 최소화 합니다. 메틸화된 작은 RNA(예: piRNA) 및 메틸화되지 않은 작은 RNA에 적합합니다.(# E7330)
자체 바코드 시스템과 함께 사용할수 있고, 멀티플렉싱용 인덱스 프라이머는 이 키트에 포함되어 있지 않습니다.
인덱스 프라이머가 필요한 경우 키트 NEB #E7300, #E7580 또는 #E7560을 주문해야 합니다.
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NEBNext®는 이제 단일 세포 및 ultra-low RNA inputs에서도 고품질 시퀀싱 데이터를 지속적으로 생산하면서 매우 민감하면서도 강력한 분석으로 사용할 수 있습니다(NEB #E6420).
Single cell 또는 2pg – 200ng RNA 에서 최고수율의 고품질 시퀀싱 library 를 생성하고 작은 작은 양의 전사체에서도 타의 추종을 불허합니다.
입력량이나 샘플 유형에 관계없이 균일한 transcript 관찰 할수 있습니다.
샘플유연성은 배양 또는 primary cell 또는 추출된 총 RNA 까지 사용 가능하면서 단일 튜브(세포 용해에서 cDNA 합성까지) 간편한 워크플로로 빠르고 효율적입니다.
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RNA-Seq 실험에 필수적인 rRNA 효율적으로 제거 할 수 있는 NEBNext® rRNA Depletion Kit v2 (#E7400)는 Human/Mouse/Rat 로부터
rRNA의 높은 제거율을 자랑하고 10ng~1ug 범위로 다양한 Input 양으로 Low(FFPE) 그리고 high quality RNA로 실험이 가능합니다.
Hand on time 10 분을 포함 2시간 이하의 빠른 워크플로가 특징입니다.
샘플 신청도 가능합니다.
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NEBNext® rRNA Depletion Kit (Bacteria)는 박테리아 샘플에서 적은양의 전사체의 생물학적 중요성을 밝히기 위해 Ribosomal RNA(rRNA)를 제거하는 kit 입니다. NEBNext RNase H 기반 RNA depletion workflow를 사용하여 그람 양성 및 그람 음성 유기체에서 rRNA를 제거하는 것을 목적으로 이 방법은 혼합 세균 종(예: metatranscriptomic)이 있는 단일 배양 또는 샘플에서 intact 하거나 degraded RNA에 효과적입니다. (NEB #E7805)
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안정적이고 정확하며 빠른 SARS-CoV-2 variants sequencing II 는 COVID-19 Pandemic에서 새로운 변종을 식별하고 추적을 위한 SARS-CoV-2의 Library prep kit 으로 GISAID기반 ARTIC Network에서 제공하는 SARS-CoV-2의 자료를 적용하였습니다. ARTIC Network 기반 NEBNext® ARTIC products for SARS-CoV-2 sequencing 제품으로 Oxford Nanopore MiniOn sequencer 플랫폼과 Illumina 플랫폼에 적용 가능합니다. (NEB#E7650, E7658)
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안정적이고 정확하며 빠른 SARS-CoV-2 variants sequencing II 는 COVID-19 Pandemic에서 새로운 변종을 식별하고 추적을 위한 SARS-CoV-2의 Library prep kit 으로 GISAID기반 ARTIC Network에서 제공하는 SARS-CoV-2의 자료를 적용하였습니다. ARTIC Network 기반 NEBNext® ARTIC products for SARS-CoV-2 sequencing 제품으로 Oxford Nanopore MiniOn sequencer 플랫폼과 Illumina 플랫폼에 적용 가능합니다. (NEB#E7650, E7658)
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NEB 의 기술로 TCR및 BCR 의 bulk mRNA sequencing을 통해 다양한 면역세포의 서열 다양성을 포착할 수 있습니다.
NEB 의 scientist들은 BCR heavy, light chine 및 TCR α 및 β 사슬의 variable regions의 bulk mRNA 시퀀싱을 가능하게 하는 워크플로우를 통해 Immune repertoire sequencing을 새로운 차원으로 끌어올렸습니다. Receptor sequences에 대한 심층 분석을 통해 면역체계의 복잡성을 해결하고 B cell receptors (BCR) 와 T cell receptors (TCR) 의 Enrichment 및 sequencing을 합니다.
UMI 로 transcripts를 정확한 정량 후 오픈 소스 pRESTO toolkit (tutorial) 을 기반으로 Bioinformatic workflow를 사용하여 데이터 분석 합니다.
Immune Repertoire Sequecing은 자가면역 질환의 특성화, 종양학 감염병 대한 중화 항체 발견, 종양 침윤 림프구 및 잔존질환 연구를 포함한 면역반응 분석에 사용되고 NGS의 read length 및 throughput 향상으로 적용이 확대되었습니다.
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NEBNext Direct® Genotyping Solution(#E9500, #E9530) NEBNext Direct® target enrichment를 표적 유전자형 분석에 사용할 수 있습니다.
식물, 동물 및 인간의 다양한 응용 분야를 위한 비용 효율적이고 높은 처리량의 시퀀스 기반 표적 유전자형 분석을 제공합니다.
수백에서 수천 개의 마커 유전자형 분석을 위한 이상적인 솔루션으로 비용 절감 및 워크플로우 간소화 하였고 이중 바코드 샘플 인덱싱과 Unique Molecular Identifier를 통해 시퀀서 효율성을 극대화 시켰습니다. 100-5,000개 마커에 이르는 마커 범위에 적용할 수 있는 이중 인덱스 시퀀싱과 결합된 최대 96개 샘플의 pre-capture multiplexing은 단일 Illumina® 시퀀싱 실행에서 380만 개 이상의 유전자형을 허용합니다.
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차세대 시퀀싱(NGS) 라이브러리의 정확한 정량 분석은 데이터 도출 및 품질을 최대화하는 데 필수적이며 Illumina® 시퀀싱의 경우 라이브러리의 정확한 정량은 최적의 시퀀스 도출을 위한 요구되는 사항이며, 최적의 클러스터 밀도를 달성하는 데 매우 중요합니다. NEBNext® Library Quant Kit는 qPCR 기반 라이브러리 정량 분석에 탁월한 성능 및 워크플로 개선을 제공하도록 최적화되었습니다. 다른 방법 및 키트보다 더 정확하고 재현 가능한 결과로 정량 값에 확신을 주고 4개 또는 6개의 satandard(포함)을 유연하게 사용할 수 있습니다. 적은 횟수의 파이펫팅 단계와 모든 라이브러리에 대한 단일 확장 시간으로 반응 설정을 단순화할 수 있습니다. Insert 크기, GC 콘텐츠 및 preparation 방법에 관계없이 모든 라이브러리와 함께 사용할 수 있습니다.
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고효율 enzyme- based conversion 으로 DNA 손상 최소화, bisulfite sequencing 단점 극복하였고 우수한 민감도로 5-mC 와 5-hmC 검출을 할수 있습니다.
Library prep 시약까지 포함한 간편한 Kit. (Conversion Module만 별도 구입 가능) 고효율 library preparation 할 수 있습니다.
상세한 NEBNext Enzymatic Methyl-seq kit 성능 내용은 NEB Technical Note에 자세하게 확인할 수 있습니다.
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NEBNext High Input Poly(A) mRNA 분리 모듈은 oligo d(T)25-coupled paramagnetic beads 방식을 사용하여 5-50 ㎍의 total RNA로부터 intact poly(A) + mRNA만 isolation 할 수 있는 제품입니다.
Oxford Nanopore Direct RNA 및 Direct cDNA 시퀀싱을 포함하여 large amount의 mRNA를 필요로 하는 곳에 적합합니다.
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12-nt unique molecular identifier (UMI) 시퀀스를 포함한 Unique dual index adaptors는 NGS용 PCR-free 라이브러리 프렙 키트와 함께 사용 가능한 멀티플렉스 올리고입니다.
low-frequency variant를 더 sensitive하게 detection할 수 있는 특징을 가지고 있으며, 증폭된 라이브러리에서 PCR error 또는 duplicates를 정확하게 식별하고 제거하는데도 도움을 줍니다.
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NGS 라이브러리 준비의 upstream인 DNA fragmentation 단계에서 enzymatic shearing은 기계적인 방식보다 훨씬 많은 이점을 제공합니다.
NEBNext UltraShear는 DNA methylation 연구 및 FFPE DNA과 같은 까다로운 샘플 유형을 단편화할 수 있도록 특수 디자인 된 새로운 enzymatic shearing mix 입니다.
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NEBNext UltraExpress는 더 빠르고 간단하며 친환경적으로 설계된 NEB 가장 최신의 DNA 또는 RNA용 라이브러리 프렙 키트입니다. 지정된 입력 범위 내의 모든 input amount에 대해 단일 프로토콜을 사용하여 다양한 샘플 유형에서 고품질 라이브러리 생성을 도와줍니다. 기존의 워크플로우와 달리 master mixed reagents 사용, incubation 시간 단축, cleanup 단계 감축을 통해 실험 시간을 최소화하였습니다.
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